Institutionens ledelse består af en bestyrelse, der vedtager den overordnede ledelse, og en leder, der under ansvar for bestyrelsen vedtager den daglige pædagogiske og administrative ledelse og drift i institutionen.
Bestyrelsen består af i alt 6 medlemmer. Én formand og 4 forældrerrepræsentanter, som vælges af og blandt institutionens forældre, og én medarbejderrepræsentant, som vælges af og blandt de fastansatte medarbejdere i institutionen.
Den fungerende bestyrelse i Skyttebjerg består på nuværende tidspunkt af
Katrine Johansson (Formand)
Morten Brauner (Næstformand)
Rikke Quist Hansen (Kasser)
Clara Marie Haugwitz-Hardenberg-Reventlow (Bestyrelsesmedlem)
Jonathan Whitt (Bestyrelsesmedlem)
Maria Darringe (Suppleant)
